Het Klinisch chemisch laboratorium is sinds begin jaren 90 van de vorige eeuw structureel bezig geweest met het opzetten van een kwaliteitssysteem. Dit betekende een cultuuromslag binnen de organisatie waarmee alle medewerkers te maken kregen. Het gehele denken voor, tijdens en na het uitvoeren van analyses wordt mede bepaald door de kwaliteitsgedachte die erop gebaseerd is dat alles altijd nog beter kan. Hiervoor werden alle werkvoorschriften (SOP's) opnieuw geschreven volgens een vooraf bepaald stramien. Een groot aantal afspraken was mondeling gemaakt en zijn nu op papier vastgelegd. De hoofdlijnen van het reilen en zeilen van het Klinisch chemisch laboratorium werden vastgelegd in een kwaliteitshandboek, het KHB.  
Door de steun en samenwerking van het management en alle medewerkers heeft dit geleidt tot de CCKL-accreditatie op 14 november 2000.
Op 25 november 2009 heeft het KCL verlenging van het CCKL-accreditaat ontvangen.
 
Dit betekend dat het Klinisch chemisch laboratorium voldoet aan de normering zoals gesteld door CCKL (Coördinatie Commissie ter bevordering van de Kwaliteitsbeheersing van het Laboratoriumonderzoek op het gebied van de gezondheidszorg). 
 
Het behalen van het (her)accreditaat is voor het KCL geen eindpunt maar levert nieuwe verbeterpunten op. Ook nieuwe inzichten en veranderende omstandigheden zorgen ervoor dat het kwaliteitssysteem continu aan veranderingen en verbeteringen onderhevig is.
Er wordt voortdurend aandacht besteed aan het betrekken van alle medewerkers bij het kwaliteitsgebeuren in de ruimste zin van het woord. Kwaliteit is binnen het KCL een vast onderdeel van de dagelijkse werkzaamheden.