Het Laboratorium Erfelijke Metabole Ziekten heeft tot doel een kwalitatief hoogwaardige dienstverlening te waarborgen richting haar cliënten. Hiervoor is binnen het laboratorium een kwaliteitssysteem opgezet dat een continue waarborging van de dienstverlening nastreeft.

Het Laboratorium EMZ is sinds 2006 CCKL-geaccrediteerd (certificaatno. 183).
Dit betekent dat het Laboratorium voor Erfelijke Metabole Ziekten een goed en actief kwaliteitsbeleid voert. Ook de operationele procedures, theoretische en praktische kennis zijn als goed beoordeeld.
Het Laboratorium EMZ participeert in diverse (inter)nationale externe kwaliteitsprogramma's.

Het laboratorium bezit de opleidingsbevoegdheid van zowel NVKC als VKGL voor het opleiden van laboratoriumspecialisten erfelijke metabole ziekten.