Samen met collega's heeft hij bij de RIAGG Maastricht een specialistisch behandelprogramma voor stemmingsstoornissen opgericht. Samenwerking met de afdeling Psychiatrie heeft in 2008 geleid tot de vorming van het Academisch Centrum voor Stemmingsstoornissen Maastricht. In dit centrum worden specialistische diagnostiek en behandeling voor stemmingsstoornissen uitgevoerd. Huidige onderzoeksactiviteiten betreffen de rol van gen-omgevingsinteracties bij de regulatie van stemming, werkingsmechanismen van psychotherapie bij depressie, stemmingsregulatie bij mindfulness-based cognitive therapy en het onderzoeken van effectiviteit van (nieuwe) behandelingsmethoden voor depressie.

Frenk Peeters is tevens verbonden aan het Nederlands Kenniscentrum Angst en Depressie (Nedkad).