De moederkoek (placenta) is genetisch voor de helft van de moeder en voor de helft van de vader afkomstig. De moederkoek is dus gevormd uit half lichaamsvreemd materiaal. Dit zou normaal gesproken betekenen dat de moederkoek, en dus ook het kind,  door de moeder zou worden afgestoten. Gelukkig gebeurt dit niet. Het afweersysteem werkt tijdens de zwangerschap anders. Daarnaast is de buitenkant van de moederkoek als het ware omgeven door een soort 'laklaag' die er voor zorgt dat het lichaam het kind als niet-lichaamsvreemd ervaart. Als deze 'laklaag' beschadigd raakt, kan het lichaam de moederkoek en het kind als lichaamsvreemd gaan zien. Waarschijnlijk vindt er bij zwangerschapsvergiftiging een soort beschadiging van die 'laklaag' plaats. Hoe en waarom dit gebeurt is niet bekend. Een stoornis in deze afweer speelt echter wel een rol bij het ontstaan van zwangerschapsvergiftiging. 

Dat het afweersysteem een rol speelt wordt duidelijk doordat in een tweede zwangerschap, waarbij het lichaam gedurende de vorige zwangerschap heeft kunnen wennen aan het lichaamsvreemde genetische materiaal van de vader dat aanwezig is in de moederkoek, minder vaak zwangerschapsvergiftiging voorkomt. Dit geldt echter weer niet als een tweede of volgend kind van een andere partner is, omdat deze andere partner ander genetisch materiaal heeft.

Onderzoek heeft aangetoond dat naarmate de vrouw langer een seksuele relatie met de vader heeft gehad en daarbij in aanraking is gekomen met zijn zaadcellen ( dus bij geslachts-gemeenschap zonder condoom of bij orale sex waarbij het zaad wordt doorgeslikt), zij minder kans loopt op het krijgen van zwangerschapsvergiftiging. Dit bevestigt dat het afweersysteem een rol speelt.